《深海巨妖2》承接上一部的精彩剧情，面人爷爷在对抗恶势力的过程中不幸遇难，临终前嘱咐蒋云飞不要再苟且度日迷失自己，势必要帮助大雁战胜幽冥王，结束这样毫无人性的黑暗统治，心系妹妹的王大雁不顾路途凶险执意要前往魔域，蒋云…

　　讲述了蒋云飞及其妻子一行人在幽冥船寻找在船上失踪的孩子妙妙，却遭到了幽冥王及其手下的攻击，蒋妻和随行的副官都被残忍杀害，尸体也都被将左将右处理，只有蒋云飞被留了活口。多年后，身手敏捷鬼灵精怪的王大雁在魔船上丢了妹妹，…

　　西天取经五百年后，如来圆寂，金翅大鹏祸乱三界。孙悟空为拯救三界，口含如来舍利降世人间。在召集师弟沙悟净、朱悟能的过程中，悟空终于领悟舍身取义的无量佛法，蜕变真身，消灭蛤蟆精，踏上打败金翅大鹏的西行路。

　　龚夫人在十八年前一个风雨交加的晚上，一个年轻的军官浑身是伤的抱着一个熟睡的孩子和一箱黄金来到了龚家，把孩子和黄金托付给了龚家，十八年后这个当年的军官为了抗战购买物资，又来到了龚家，导致龚家女儿（当年年轻军官托付的孩子…

　　民国时期，海盗帮主蔡炎（樊少皇 饰）遭遇陷害。后假借失忆被南少林寺方丈慧远禅师收留。面对海盗追杀南少林弟子用血肉之躯保护乡亲，也感化了不信天地的蔡炎，帮助他成长为保护一方水土的“怒目金刚”的故事。

　　南明隆武二年，清军南下攻城夺地，所到之处硝烟弥漫炮火轰鸣，延平王郑成功率部众血战沙场抵守疆土，尽管遭遇父亲投清、母亲被杀、叔父叛变一系列变故，一代名将郑成功依旧坚守着护我家国的誓言绝不后退！

　　天音山庄少主双德离家出走，偶得克制邪王的天外飞仙经书中一本。而所后邪王徒弟青儿和采儿来夺书，却双双爱上双德。双德开始用琴声帮助二女消灭妖气。那边厢，邪王已是血洗了天音山庄，并化身庄主好友高僧找双德骗取经书。然而，双德…

　　清朝末年，广东知名教头童铁铮（狄龙 饰）在广西铁岭绿营司马的盛邀之下去凤凰镇当教头。凤凰镇是当地知名的风月之地，妓院生意非常红火，而客人大多是当地的官僚富人，更有不少士兵。童铁铮带着儿子（樊少皇 饰）进入凤凰镇时就见识…