成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。

　　三年同班同学却没有说过一句话，这指得就是阿良良木历（神谷浩史 配音）和战场原黑仪（斋藤千和 配音）。二人虽是同班同学，但可以说没有任何交集。本以为就会这样一直下去的阿良良木历因为一次偶然接住了意外从楼梯上跌下来的黑仪。…

　　国立爱丽丝研究机关学园本部不同于一般的学园，只招收具备特殊能力的学生，这种能力被称之为“爱丽丝”。因为好友今井萤（钉宫理惠 配音）转学从乡间来到了城里的爱丽丝学园，无论如何也不想和萤分开的佐仓蜜柑（植村加奈 配音）因此…

　　故事发生在二十一世纪末，彼时，魔法早就已经不再仅存与神话和传说之中，而是同科学与超能力融合，成为了人尽皆知的存在。国家甚至成立了魔法大学附属第一高校，专门培养此方面的人才，以便更好的为国家效力。　　司波达也（中村悠一…

　　在“超高校级的绝望”带来的“人类史上最大最恶的绝望事件”之下，世界陷入了濒临崩坏的绝境。为了拯救这个充满绝望的世界，“未来机关”由原希望峰学园的校长与师生们集结而成了。其中就包括了曾经打倒了江之岛盾子的苗木诚等78期生…

　　故事发生在私立希望之峰学园中，苛刻的入学条件和优厚的毕业待遇让这所历史悠久的学园笼罩着一股贵族和精英的气氛，只有超高校级的学生才有资格进入其中学习。今年，苗木诚（绪方惠美 配音）以“超高校级幸运”为由收到了来自学园的…